Роком заснування ЗОШ №6 вважається 1926-й. Тоді розпочала працювати восьмирічна залізнична (транспортна) школа № 41. Навчання у ній велося українською мовою. В 1936 році старе приміщення було зруйновано і на його місці побудовано нову Шепетівську транспортну середню школу №41. Першим директором цієї школи став Нелін Вадим Семенович. Під час Великої Вітчизняної війни школа була дуже зруйнована. Її стіни вражали своєю пусткою, не чути було дитячих голосів. Але вже навесні 1944 року, зразу після визволення Шепетівки, почалася відбудова зруйнованого приміщення. Тут працювали всі – жінки і діти, молоді люди 15-17 років, вони прагнули, щоб восени 1944 року школа відкрила свої двері.
Пізніше поруч з українською було збудовано восьмирічну російську школу №70. Отже, після війни стало дві школи: залізнична (транспортна) середня школа №48 і залізнична російська восьмирічна школа №70. В 1961 р. школи стали називатися середніми загальноосвітніми школами №9 і №10. Директором СШ №9 став Баталін І.С., а директором №10 Нагорний М.М.
Об’єднання шкіл в один український навчальний заклад відбулося лише у 1978 році і відтоді він почав іменуватися загальноосвітньою школою I-III ступенів №6. Директором школи став Гучев Н.М. З 1985 року очолювати школу призначили Синькову В.Ф. Історія школи не тільки давня, а й славетна і героїчна. Про це свідчить гранітний пам’ятний знак на честь загиблих випускників залізничної школи у 1991 році. З тих пір, щороку у червні місяці з'їжджаються сюди випускники того страшного 1941-го року, щоб покласти до підніжжя знаку квіти, вшанувати пам’ять полеглих однокласників.
Зустріч молоді з випускниками 1941-го року, як правило, відбувається на випускних вечорах. Старше покоління ділиться з молодими своїм життєвим досвідом, згадує трагічне і щасливе минуле їх спільної школи. Серед випускників цього року – письменник, член Спілки журналістів України Олександр Володимирович Ковальчук, ветеран війни, якому присвоєне звання Почесного громадянина Єнакієве – Сергій Петрович Швець. Постійною гостею випускників є Емілія Петрівна Моргун, теж випускниця 1941-року.
Золотими літерами вкарбовані в історію школи імена юного героя, "Шепетівського Данко" – Володі Ковальчука, Героя Радянського Союзу Георгія Кудашова та багатьох інших. Гордістю школи є її пізніші випускники: чемпіон Олімпійських ігор з легкої атлетики Олександр Остапчук, доктор математичних наук Дніпропетровського політехнічного інституту Софія Іванівна Власик, заслужена співачка України Валентина Іванівна Коровченко, народний посол України чемпіон світу Дмитро Христюк, голова Шепетівського міськвиконкому Шпільченко Станіслав Іванович.